种鸭蛋产出后以及人孵以前都要进行消毒。消毒的目的就是要杀灭或降低鸭蛋壳表面附着的各种微生物数量，以保护胚胎在发育过程中不受微生物的侵害。常用的消毒方法有以下几种。

(一)熏蒸法常用高锰酸钾与福尔马林按1:2的比例进行熏蒸。方法是把种鸭蛋放入熏蒸间或待入孵的孵化器内，在陶瓷盆内按每立方米的空间加入15g高锰酸钾，然后倒入30m1福尔马林(含甲醛35%-40%)熏蒸20~30min，熏蒸时湿度要保持在70%一80%，温度20一25℃。这里特别要注意的是，必须先加入高锰酸钾后倒入甲醛，否则高锰酸钾会喷溅出来。还要注意，熏蒸入员在熏蒸后要及时通风，不要离开现场去干其他的工作而忘记通风。消毒气体对入是有害的，在操作时要防止入员吸入熏蒸气体。

(二)浸泡消毒浸泡液可选用碘液、漂白粉溶液或新洁尔灭消毒液。碘液消毒的方法:将100g碘和150g碘化钾溶解在101.沸水中，水温降至40\'C:时，将种鸭蛋和鸭蛋盘一起放入溶液中浸泡1min，取出后自然晾干。漂白粉消毒法:将种鸭蛋放入37一40℃的含有1.5%活性氛的漂白粉溶液中3min，取出自然风干。新洁尔灭消毒法:用0.1%的新洁尔灭浸泡1min或用喷雾器喷洒消毒液。

(三)喷雾消毒法可用百毒杀进行喷雾消毒。方法是在10L水中加入50%的百毒杀3mL，用喷雾器将种鸭蛋喷湿进行消毒。进行喷雾消毒时，鸭蛋的表面必须全部喷湿。用于浸泡消毒的各种消毒剂都可用于喷雾消毒。

(四)其他消毒方法常见的有紫外线照射消毒法和固体烟熏剂点火熏蒸法。在实际生产中，紫外线消毒法消毒效果不确定，因为紫外线的杀菌作用有限，照射的强度不够时，往往不具备杀菌功能，只起抑菌作用。采用固体烟熏材料进行熏蒸，方法比甲醛熏蒸法简单，因此应用越来越普遍。